Il Vasari fu il primo ad indicarla nei suoi scritti ma non ne citò il luogo; il Lomazzo, nel 1584 la indicava (assieme all'Io e Zeus) come proprietà dello scultore Leone Leoni nella città di Milano; lo stesso critico celebrò le due opere in un sonetto (nelle Rime, 1587). Gli studiosi appartenenti allo stesso periodo, di fronte a tale citazione, non furono tutti d'accordo ad accettare che lo scultore avesse ricevuto la Danae e l'Io e Zeus da Filippo II, o se le avesse ottenute da A. Pérez che avrebbe potuto riceverle dallo stesso sovrano, del quale fu il favorito, ma solo sino al 1579 perché divenne povero e dovette vendere la propria collezione d'arte. A proposito di questo, la vendita ebbe luogo solo più tardi (1585), ed il Ricci rifiuta la seconda ipotesi; però si potrebbe pensare che il Pérez abbia venduto le opere entro il 1584, allorché già dal 1579 presagiva di doversene distaccare (ipotesi da non sottovalutare); d'altro canto, all'ipotesi di una donazione di Filippo II allo scultore non andava d'accordo col fatto che proprio quest'ultimo acquistasse dipinti per il presunto donatore; anche perché ci sono testimonianze che lo scultore voleva acquistare nel 1584 l'Orazione nell'orto dello stesso Correggio per il sovrano. Il Meyer riteneva probabile che il Leoni avesse acquistato i due dipinti direttamente dall'artista

Nel 1601 H. Khevenhiller, ambasciatore di Rodolfo II in Spagna trattava con Pompeo Leoni, figlio di Leone, l'acquisto dei dipinti Danae ed IO e Zeus; Il contratto di vendita delle due tele fu firmato nel 1603, e queste, subito furono trasferite a Praga. Da questo periodo le vicende delle due opere si scombinarono. Nel 1648 la Danae, come facente parte del bottino svedese, fu trasferita a Stoccolma; più tardi, Cristina di Svezia la portò a Roma dove la offrì in dono al cardinale Azzolini. Il nipote di quest'ultimo, nel 1728, la cedette al duca di Bracciano don Livio Odescalchi. Nel 1780 la Danae si trovava presso la famiglia degli Orléans di Parigi, dopodiché fu trasferita – nel 1816 – a Londra dal duca Bridgewater; infine fu riportata a Parigi dal nuovo possessore H. Hope. Qui l'acquistò Camillo Borghese, e l'opera si trova nell'omonima Galleria dal 1953.

Per la cronologia c'è comune accordo fra i critici di tutti i tempi con l'eccezione del Gronau che gli assegna la data intorno al 1526.