L'opera in esame viene identificata in un testamento del 1312 intestato ad un un certo Ricuccio del fu Puccio del Mugnaio, dove si parla di un'eredità e di un dovere  in relazione alla chiesa suddetta "affinché si provveda a tenere accesa una lampada in S. Maria Novella, davanti al Crocifisso dipinto da Giotto". 

Più tardi anche il Ghiberti (1378 - 1455), citando il "Crocifisso", lo descriveva ubicato in Santa Maria Novella come opera di Giotto.

Tuttavia gli studiosi respinsero a lungo, e con fermezza, l'identificazione di tal "Crocifisso" con quello che intorno al 1530 (fonte: Billi) era collocato sulla parete interna corrispondente alla facciata della chiesa, dove rimase fino a gran parte degli anni Quaranta del secolo scorso, e che oggi si trova nella sacrestia. Finalmente, in occasione della Mostra allestita nel 1937 a Firenze in memoria di Giotto, la tavola venne accuratamente ripulita,  e quindi messa in condizioni di offrire una più congrua chiave lettura.