Il 24 novembre del 1512 veniva commissionata la 'cassa', "infina al cornicione", che doveva essere realizzata in base al "desegno ... [il quale] darà m.o Pietro de X.oforo da Castello de la Pieve depentore". Si ipotizza che quest'ultimo non avesse rispettato a fondo gli accordi venendo meno all'attività da svolgere, dal momento che un documento, datato 23 febbraio 1520, testimonia che detta 'cassa' non era affidata al "depentore de la Pieve" ma ad Eusebio da San Giorgio (c. 1470 – c. 1550). Il Perugino, perciò, era preoccupato per il continuo prorogarsi dei lavori, tanto che temeva gli venisse tolto anche il relativo incarico, che, peraltro, non riuscì a portare a termine a causa degli acciacchi e dell'imminente morte.

Per quanto riguarda la cronologia dello smembramento del complesso pittorico, esistono poche documentazioni ed uno schizzo (entrambi incerti) lasciati nel 1700 da padre Giappessi, per cui si avviò un ripristino ideale dell'intera struttura, ripartita nelle due facciate intorno al 1654, e quindi, il definitivo smembramento nel 1683, eseguito nella stessa chiesa.

In queste pagine si prendono in esame "Il presepio" (cm. 263 x 147) ed "Il battesimo di Cristo" (cm. 261 x 146), entrambi custoditi nella Galleria Nazionale dell'Umbria a Perugia.