Ad originare la prima tesi fu l'illustrazione del dipinto nel Musaeum e quindi la catalogazione come donazione di Federico Borromeo (1618) del ritratto di una "duchessa di Milano dal mezzo in su di mano di Leonardo". Il fatto che l'effige fosse di una duchessa milanese non fu mai messo in dubbio, tanto che fu titolato Ritratto di Beatrice d'Este, ma nell'Ottocento alcuni documenti provarono che il presunto duca sarebbe stato un musicista non presente nella donazione, e probabilmente proveniente dall'ambiente romano. Da questo periodo cadde la tesi che legava le due tavole.