La figura, minore di un terzo del vero, è opera delicatissima ma non piace molto perché non rende punto di devozione ne ha decoro ovvero similitudine: è assise a sedere, vi si vede sasso e verdura di paesi con aria" (Biblioteca Vaticana, ms. Barberiniano latino 5688). Da come il tema viene descritto, non può essere altro soggetto che quello rappresentato nell'opera. Tra il 1683 ed il 1695 avvenne la trasformazione di San Giovanni Battista in un dio pagano con aggiunte e modifiche: la corona di pampini, la pelle di pantera, l'uva, la modifica della capigliatura e la trasformazione in tirso della croce. I raggi X evidenziarono questi interventi ma non stabilirono la netta separazione cronologica fra la pittura di Leonardo e quella appartenente al pittore dell'intervento posteriore, in quanto l'opera – per essere trasferita dalla tavola alla tela – subì un trattamento di cerussa, sostanza questa che impedì parzialmente ai raggi X di impressionare chiaramente la pellicola.