Molto probabilmente le opere furono portate a termine entro il 1482: un documento del Palazzo Pubblico di Firenze del 5 ottobre 1482 in cui si parla dell'assegnazione di lavori pittorici al Botticelli, al Ghirlandaio e al Perugino, fa presupporre che la decorazione della Cappella Sistina, in tale data, fosse già stata portata a compimento, almeno per le prime dieci narrazioni. Più problematica è la cronologia delle altre quattro decorazioni (sette secondo altri studiosi, di cui tre dipinte sulla parete che più tardi, nel 1535, venne realizzato il "Giudizio universale" di Michelangelo).

I quattro principali esecutori delle opere decorative erano affiancati dal Signorelli – conosciuto anche come Luca da Cortona (1445 - 16 ottobre 1523) – e da collaboratori, tra i quali il Pintoricchio (Perugia, 1454 – Siena, 1513), Rocco Zoppo (1496 - 1508) e Piero di Cosimo (1462-1521). Sulla base di importanti elementi ricavati dagli scritti di S. de' Conti da Foligno (Historiarum sui temporis, 1510) e del Vasari, in considerazioni anche all'ordine cronologico delle pitture, appare invece alquanto verosimile che il Perugino abbia realizzato i tre episodi prima dell'ottobre 1481, probabilmente avendo iniziato i lavori già prima di quanto faccia presupporre il documento del 27 ottobre 1481. Sulla parete dell'altare, quella affidata al Perugino, sarebbero dovute comparire anche le immagini dei primi papi e – secondo alcuni studiosi – e quella del Redentore. Sul ciclo della Cappella Sistina, relativo alle storie dei Testamenti affidate ai quattro artisti, rimane da definire la questione di chi avesse diretto i lavori. Alcuni studiosi come Adolfo Venturi (Storia .... 1911), Ettore Cozzani (Vita di Sandro Botticelli, 1914) ed altri, ipotizzarono che gli stessi artisti operarono "a gara". Anche il Vasari parlava di lavori in "concorrenza", ma designava il Botticelli come capo di questa "compagnia" di pittori. Rimane comunque il fatto che il Perugino, avendo probabilmente operato già prima dell'ottobre 1481, avesse steso autonomamente – e soltanto con i propri coadiuvanti – le tre storie. Facciamo notare che metà degli episodi sono relativi alla vita di Mosè, mentre l'altra metà, alla vita di Cristo.

Infine si suppone che intorno al secolo VIII le opere siano state sottoposte a ripassature – più o meno importanti – con misture contenenti sostanze oleose che hanno scurito i colori e contribuito ad attrarre e contenere il sudiciume sempre presente nell'aria, tanto che i giunti delle 'giornate' d'affresco sono quasi del tutto spariti. In stato ancor più disastrato appaiono le cortine simulate nel registro inferiore, di cui non è possibile neanche farne attribuzione alcuna.

Ancora riguardo la cronologia delle tre opere del Vannucci, nel concludere, occorre tenere presente che – da documentazioni certe – il Vannucci nel novembre 1483 si trovava a Perugia, e che l'anno seguente era nuovamente a Roma per incarichi ricevuti direttamente dal papa. Inoltre il 26 maggio 1485 riceveva dalla Camera apostolica un compenso per un lavoro pittorico realizzato in collaborazione con Antoniazzo Romano (1430-ca.1508), verosimilmente già portato a termine entro  21 febbraio dello stesso anno: la "dipintura della porta" della Cappella Sistina, di cui non si conoscono altri ragguagli se non il solo fatto che agli autori ricevettero l'importante compenso "83 fiorini", somma consistente, per cui si ipotizza una decorazione pittorica alquanto rilevante.