Fu restituita nel 1815 per essere destinata alla Pinacoteca Vaticana, dove attualmente è custodita. Non si conosce assolutamente a quale punto d'esecuzione stessa la "Trasfigurazione" al momento della scomparsa del Sanzio; Molti studiosi sostennero che tutta la parte inferiore, che era stata abbozzata dal maestro, venne portata a compimento nel 1522 dai suoi allievi: l'ipotesi viene suffragata da una richiesta di pagamento scritta dal Castiglione al cardinale Giulio de' Medici, in favore di Giulio Romano, il principale collaboratore di Raffaello. La ricevuta era datata 7 maggio 1522 ed in essa vi era scritto: "Giulio allievo di R. da Urbino per la tavola che il prefato R. fece a V. S. R.ma e III.ma resta creditore di una certa somma di denari". Un altro documento che conferma tale ipotesi è quello del monastero di Santa Maria Novella a Firenze, nel quale si attesta un debito di 220 ducati al Pippi, "per conto della tavola da altare dipinta da Maestro R. d'Urbino". Comunque siano andate le cose, non esiste la certezza matematica che l'opera fosse terminata oppure rimasta incompiuta al momento della morte di Raffaello.

La parte certamente autografa di Raffaello Sanzio